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Las formas atril y amoto son el resultado de sendos procesos de reanálisis que han alterado las fronteras entre el determinante y el sustantivo.

Nuestro atril procede del latín lectorile (que, a su vez, procedía de lector):

Lectorile > latril > atril

Alguien debió de creer que la ele inicial de latril formaba parte del artículo. Así, una parte del nombre quedó embebida en el artículo:

El latril > el atril

El sustantivo moto surge de motocicleta por acortamiento:

Motocicleta > moto

Aparece así un nombre femenino terminado en -o. Esto no es más extraño que otros nombres femeninos terminados en -o como mano, pero contribuyó al cambio. Si en el caso de atril una parte del nombre se integró en el determinante, en el de moto es el determinante el que le va a pasar un trozo al nombre:

Una moto > un amoto

Estas dos palabras tienen diferente consideración desde el punto de vista normativo: amoto se considera incorrecta, mientras que atril es correcta.