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Alma máter es una expresión latina que significa literalmente ‘madre nutricia, madre que alimenta’. En sentido figurado se utiliza para referirse a la universidad porque alimenta nuestro espíritu. Alma es en esta expresión un adjetivo que significa precisamente eso: ‘que alimenta’.

He aquí un ejemplo en que se hace un uso jocoso (pero correcto) de la expresión:

No tengo hambre porque en la Universidad me embuché una chapata. En la renovada cafetería de mi alma máter me quede platicando con […] Alina Poulain […] [Talking to Max, acceso: 10-2-2008]

Nótese que máter se escribe con tilde porque las palabras latinas se acentúan siguiendo las reglas generales siempre que estén asentadas en castellano.

Teniendo en cuenta que alma es un adjetivo, no debemos cambiar el artículo por la forma masculina, sino que debemos decir la alma máter, igual que decimos la alta costura. Esto es así porque la regla que exige que cambiemos el artículo femenino por masculino ante a tónica solo afecta a los sustantivos.

Por confusión con el sustantivo alma ‘ánima’, se le suele atribuir el significado de ‘persona que anima un grupo, una institución, etc.’:

Jesús Pérez, Raquel Cabrillo, Pablo Pérez y Estrella Pérez son el alma máter de Aldekoa [El Norte de Castilla, 10-2-2008]

Este uso es, con diferencia, el más extendido, pero es rechazado por la norma, que prefiere el significado etimológico.

Dicho todo esto, la forma correcta de utilizar esta expresión normalmente consiste en evitarla. Si no está hablando de la universidad, no tiene mucho sentido recurrir a ella. Y si está hablando de la universidad, mejor diga eso: la universidad.