Lo que es algo tiene prioridad sobre lo que no es nada. Si en un determinado punto de un escrito confluyen una expresión que no necesita coma y otra que sí la necesita, prevalece la que lleva la coma incorporada. Te pongo un ejemplo que tomo prestado de un buen amigo. Compara estas dos oraciones:
(1) Pero ni que decir tiene que el uso de la coma es complicado.
(2) Alberto, ni que decir tiene que el uso de la coma es complicado.
En (1) no hay coma antes de ni porque, como norma general, no debemos utilizarla antes de esta conjunción. En cambio, en (2) sí que está presente, pero quien la aporta no es ni, sino el nombre, que es un vocativo y, como es sabido, el vocativo necesita la coma. Se impone la necesidad del vocativo sobre la ausencia de necesidad de la conjunción. La una se amolda a las exigencias del otro.
Como es lógico, si en un mismo punto confluyen dos expresiones que necesitan coma, esta aparecerá con doble razón, pero no la duplicamos. Es lo que ocurre, por ejemplo, en fórmulas de saludo como esta:
(3) Hola, Cecilio:
Lo que tenemos en (3) puede ser perfectamente el encabezamiento de un correo electrónico. Ahí es necesaria la coma por la interjección (hola), pero también por el vocativo: razón de más para ponerla.
Este orden de prioridades es un principio que no se explica en los tratados de ortografía y que es básico para entender el funcionamiento de la coma y, en general, de los signos de puntuación. Queda perfectamente claro una vez que nos lo explican, pero no tiene por qué ser evidente.