Eunuco es etimológicamente ‘el guardián de la cama’. El castellano ha tomado esta palabra del latín eunuchus, que, a su vez, es un préstamo del griego eunoûkhos. En esta última palabra podemos distinguir dos componentes: en primer lugar, eun-, que viene de euné (‘cama’), y a continuación -ókhos, que se forma a partir del verbo ékhein, que significa ‘tener’.
El motivo de esta denominación está claro. En diferentes épocas y culturas, los eunucos han sido los únicos hombres de los que se fiaba el dueño de un harén para atender a sus mujeres, ya que no veía en ellos una amenaza para sus intereses.