El uso tradicional español (que coincide con el de la Europa continental) consiste en utilizar el punto como separador de millares y la coma como separador de decimales, o sea:
1.000,3 («mil coma tres»)
En los países anglosajones la tradición era precisamente la contraria: coma para millares y punto para decimales:
1,000.3 («mil punto tres»)
Como esto daba lugar a confusiones, se creó la norma ISO 31:1992 para unificar la práctica a escala internacional. Desde entonces se utiliza un espacio en blanco para separar millares y, preferentemente, una coma para los decimales (aunque también se admite el punto):
1 000,3 (preferido)
o
1 000.3 (aceptable, sobre todo en los países donde es la tradición)
La Academia ya incorporó esta norma internacional en su Ortografía de 1999 y ha mantenido su adhesión a ella en la edición de 2010.
El uso tradicional sigue teniendo bastante vitalidad. Sin ir más lejos, diarios con tanta difusión como El País o Abc se atienen a él (así lo exigen sus respectivos libros de estilo), por ejemplo:
[…] el Gobierno prevé elevar un 10,1%, hasta 14.085,29 millones, el gasto en otras prestaciones económicas de la Seguridad Social […] [Abc, 26 de septiembre de 2007].
No obstante, conviene que nos atengamos al uso unificado: espacio para separar millares, coma (o punto) para separar decimales. Esto favorece la comunicación a escala mundial.
Son excepciones a esta regla los números de año y página.