Cuando la coma coincide con una llamada a una nota a pie o final, se pueden seguir dos procedimientos igualmente válidos:
a) Encajar la llamada de nota entre la palabra y la coma:
(1) Tras años y años de guerras intestinas1, el imperio se hallaba al borde del colapso.
b) Colocar primero la coma y después la llamada:
(2) Tras años y años de guerras intestinas,1 el imperio se hallaba al borde del colapso.
Uno y otro procedimiento están avalados por la tradición ortográfica y ortotipográfica del español. Lo único que se nos puede exigir es coherencia, es decir, que siempre usemos el mismo (también cuando la llamada de nota se combina con un punto, por ejemplo).