Una duda muy frecuente es qué se hace con la coma cuando esta coincide con un paréntesis. Pues bien, la coma siempre va detrás del paréntesis de cierre. Si con esta aclaración ya lo has entendido, no hace falta que sigas leyendo. Si crees que no te vendría mal una explicación más detallada, acompáñame durante unos párrafos más.
En realidad la pregunta está mal planteada. Lo que hay que preguntarse es dónde se inserta el fragmento que va entre paréntesis. Para realizar esta operación de manera correcta tenemos que partir de un texto debidamente puntuado al que le vamos a añadir el paréntesis:
(1) El tren llegó tarde, pero solamente una hora.
Ahora yo quiero incrustar un paréntesis en medio de esa oración, justo en la frontera que va marcada por la coma. Lo que hago es introducirlo entre la coma y la palabra a la que va pegada. Separo lo que va unido. Eso es lo que señalo a continuación con la flecha:
(2) El tren llegó tarde↑, pero solamente una hora.
Ahora insertamos el añadido y problema resuelto:
(3) El tren llegó tarde (como de costumbre), pero solamente una hora.
También podemos realizar esta operación al revés para asegurarnos de que un paréntesis está correctamente situado. Vamos a partir de esta oración:
(4) Aunque no te lo creas (que no te lo creerás), este chuletón es apto para vegetarianos.
Eliminamos todo lo que va entre paréntesis:
(5) Aunque no te lo creas, este chuletón es apto para vegetarianos.
La puntuación resultante es correcta, de modo que (4) estaba bien.
Como ves, todo se reduce a un problema de lógica y a saber plantear la cuestión adecuadamente.