Muchas personas se preguntan cuál es la diferencia entre separar un inciso con comas, paréntesis o rayas. Las tres posibilidades siguientes son correctas:
(1) Sisebuto, hemos de reconocerlo, era un magnífico jugador de billar.
(2) Sisebuto (hemos de reconocerlo) era un magnífico jugador de billar.
(3) Sisebuto —hemos de reconocerlo— era un magnífico jugador de billar.
Los ejemplos (1-3) solo difieren en la forma de aislar el inciso. El significado es el mismo y no existe una regla ortográfica para decidir cuándo hemos de utilizar un signo y cuándo debemos inclinarnos por otro. La diferencia es puramente de matiz y enormemente subjetiva: las comas separan menos, mientras que los paréntesis y las rayas separan más. Así pues, puedes elegir libremente entre unos signos y otros dependiendo de cuál sea tu intención comunicativa y estilística.
No obstante, si en una oración ya tenemos alguna que otra coma, puede ser más claro recurrir a los paréntesis o las rayas. Incluso puede convertirse en la única posibilidad para que se entienda lo que queremos decir:
(4) Llegado el momento, Sisebuto metió en el maletero una bolsa con ropa, las pistolas de su abuelo (por si acaso), unas botas de campo y unos cuantos libros.
En (4) no podemos sustituir los paréntesis por comas. Si lo hacemos, la puntuación resultante será incorrecta y no habrá forma de entender cuál es la relación que guarda el inciso por si acaso con el resto de la oración. En cambio, podríamos sustituir los paréntesis por rayas sin mayor problema.
El disponer de signos diferentes también sirve para alternar. Si ya hemos utilizado un tipo de signo, echaremos mano de otro para señalar un inciso dentro de un inciso:
(5) Nuestro héroe se embriagaba fácilmente con el olor a pólvora (nunca había sabido explicar —y no es que no lo hubiera intentado— los motivos de semejante reacción).
Cuando se da una situación de este tipo, no hay que guardar un orden especial. Podemos alternar los signos como mejor nos parezca. Lo que no permite la ortografía del español es repetir en el nivel inferior el signo que ya hemos utilizado en el superior.
De todas formas, no es muy recomendable anidar incisos. Es preferible redactar de una forma más clara y ordenada. Lo mejor sería modificar (5) de esta manera:
(6) Nuestro héroe se embriagaba fácilmente con el olor a pólvora. Nunca había sabido explicar los motivos de semejante reacción (y no es que no lo hubiera intentado).
En resumen: normalmente podrás utilizar el par de signos que prefieras, a no ser que el hacerlo dé lugar a confusión o que estés tratando de anidar unos dentro de otros.