Como norma general se escriben con mayúscula inicial las palabras significativas que forman parte del título de una asignatura. Por ejemplo, mis alumnos del grado de Maestro en Educación Primaria tienen este cuatrimestre las siguientes asignaturas:
Didáctica de la Lengua
Didáctica de la Materia y la Energía
Didáctica de la Geografía
Didáctica de la Historia
Inglés para Primaria I
Matemáticas y su Didáctica
En la tradición hispánica, las palabras significativas que son candidatas a aparecer en estas denominaciones son por lo general sustantivos y adjetivos, aunque nada impide llamar a una asignatura algo así como Hacer Cosas con Palabras o Educar para la Convivencia. En cualquier caso, quedan excluidas las palabras con mera función gramatical como determinantes, preposiciones, etc. Nótese también que estas denominaciones se escriben en letra redonda (no en cursiva).
Cuando el nombre de la asignatura es muy largo, resulta preferible poner mayúscula tan solo en la primera palabra (sea del tipo que sea). Así se evita recargar el escrito. El nombre de la asignatura se entrecomilla entonces para poder identificar su principio y final en el texto, por ejemplo:
—Oye, que quieren meter en el plan de estudios una optativa que se va a llamar “Literatura española e hispanoamericana de los siglos XVI, XVII y XVIII en comparación con la portuguesa y brasileña del mismo periodo”.
—¡Por encima de mi cadáver!
En la práctica, se está tratando aquí el título de la asignatura igual que si fuera el de una parte de una obra (véase “Cursiva y comillas en títulos” y “Solo se pone en mayúscula la primera letra del título“). Un tratamiento análogo es el que se les da a las mayúsculas en los nombres de cursos.